只有超过12小时的工作才算加班费，是否合法？

不合法。依据《中华人民共和国劳动法》，加班一般每日不超1小时，特殊情况下也不得超3小时，且每月累计不得超36小时。超时加班违法，可能损害员工健康，引发劳动争议。
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处理加班费问题，常见方式有协商、投诉、仲裁。应先尝试与雇主协商；协商无果可向劳动监察部门投诉；仍无法解决则可申请劳动仲裁，根据《劳动法》维护自身权益。
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不合法。处理方式：1.与雇主沟通，明确加班时间和加班费计算方式；2.若沟通无果，收集加班证据，向劳动监察大队投诉；3.投诉未解决，申请劳动仲裁，提交加班证据，要求合法补偿。